Le partenariat du projet doit prévoir des partenaires provenant des deux Etats membres du Programme.
Aux termes de l'art 19 Reg (CE) N. 1080/2006 par.1, le partenariat devra coopérer selon au moins deux des modalités suivantes : élaboration conjointe, mise en œuvre conjointe, personnel partagé, financement conjoint.

- Elaboration conjointe signifie que le projet présenté a été conçu par des partenaires provenant des deux pays d'un côté et de l'autre de la frontière nationale. La proposition de projets doit intégrer les idées, les priorités et les activités des parties concernées des deux côtés de la frontière.

- Mise en œuvre conjointe signifie que les activités doivent être mises en oeuvre et coordonnées sur les deux parties de la frontière. Une actuation parallèle des activités n'est pas suffisante. La proximité des contenus et des activités mises en œuvre sur les deux parties de la frontière doit clairement être identifiable et la coordination continue et constante.

- Personnel partagé signifie que les fonctions sur les deux parties de la frontière ne doivent pas être simplement doublées mais qu'il sera nécessaire d'avoir un projet manager et un responsable financier conjoints.

- Financement conjoint signifie que chaque partenaire doit garantir sa contribution financière au projet.