Il partenariato di progetto deve prevedere partner appartenenti ai due Stati Membri che fanno parte del Programma. 
Ai sensi dell' art. 19 Reg (CE) 1080/06 par.1  il partenariato dovrà cooperare secondo almeno due delle modalità seguenti: elaborazione congiunta, attuazione congiunta, personale condiviso, finanziamento congiunto.

- Elaborazione congiunta significa che il progetto presentato è stato ideato dai partner di entrambi i paesi  al di la e la di qua dei confini nazionali. La proposta di progetto deve integrare le idee, le priorità e le attività delle parti interessate di entrambi i lati del confine.

- Attuazione congiunta significa che le attività devono essere attuate e coordinate su entrambi i lati del confine. Non è sufficiente un'attuazione in parallelo delle attività. La contiguità dei contenuti delle attività svolte su entrambi i lati del confine deve essere chiaramente riconoscibile ed il coordinamento continuo e costante.

- Personale condiviso significa che le funzioni su entrambi i lati del confine non vanno semplicemente sdoppiate, ma che ci dovrà essere soltanto un project manager comune e un responsabile finanziario.

- Finanziamento congiunto significa che ogni partner deve garantire il suo contributo in termini finanziari.